PSDのようにレイヤー構造をもつファイルで保存する際、フィルターレイヤーなど特殊なレイヤーがある場合は1枚の画像に統合される。 単純なレイヤー構造の場合は、レイヤーが保持された状態で出力可能。 「Krita」は、ペイント系ソフトとして完成度が高い。